自動控制（control)系統應設計為中央監控計算機控制型系統，同時計算機應設置在控制室。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
實施計算機自動控制的計算機應該實時監視機組和自動控制設備的運行情況，并具有歷史數據記錄、報警提示等功能。
室內氣流組織有效合理：有效就是避免所有房間內的死角，合理就是保證由清潔區流向
污染區的原則 (無論是清潔區還是污染區、半污染區 。
實施自動控制（control)的現場控制器應該選用高可靠、高速度、免維護的工業級控制器，而且控制器應該能脫離計算機而獨立工作，避免一旦計算機出現故障造成控制系統的癱瘓。實驗室凈化空氣調節系統必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節約能源與資源，保證環境的質量和安全，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在安全的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。
凈化空調通風系統劃分有序：凈化空調通風系統歸納(指歸攏并使有條理)起來不外乎就如下三種劃分方式，可以根據需要進行適當的劃分：
控制系統上應該具有手動 自動轉換功能，保證在控制系統失控時人為轉換為手動控制。
節能運行
整個生物安全實驗（experiment)室送風一個系統、生物安全柜和其它房間 包括主實驗室 排風一個系統。
整個生物安全實驗（experiment)室送風一個系統，生物安全柜的排風一個系統，房間排風一個系統（包括主實驗室）。
實驗（experiment)室為直流式系統，能源的節約非常重要，常規的送排風的變頻節能控制（control)可以滿足這
種要求。
多個主實驗（experiment)室或只有一個主實驗室但準備間單獨使用時，各主實驗室獨立設置送排風系統，半污染區和清潔區另設獨立的送排風系統。
如果主實驗（experiment)室內存在不同數量的生物安全柜，則必須設置合理的變頻（frequency conversion)節能控制（control)方案，不僅滿足實驗室壓力梯度的要求，同時也可以兼顧節能。
排風系統考慮全面：正確確定主實驗（experiment)室的排風量(定義:單位時間內空氣的流通量)；排風口的設計必須合理有效（室內排風口與屋面排風口）；排風機(Draught Fan)互為備用、風量穩定（解釋:穩固安定；沒有變動)且送風
聯鎖：排風 . 級 $%"& 過濾，系統利于熏蒸消毒；負壓控制（control)，排風先導控制實現等。
自動控制（control)配合到位：主要是指靜壓差穩定（解釋:穩固安定；沒有變動)性能以及相關的響應時間以及控制精度（精確度）等問題。
