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分子生物實驗室設計，應考慮以下原則：對有生物危險性的P3實驗室，要做成負壓，以防止微生物污染的外逸。因此它不僅要求除菌、更要進行隔離處理。隔離方式一般采用一次隔離和二次隔離。一次隔離就是病原體和實驗者之間的隔離，是以防止實驗人員被感染為目的的。主要用生物安全柜和罩式防護衣方式。
為了防止病原體從實驗室漏到外部環境中，而把實驗室和外界隔斷，即是二次隔離。二次隔離就是實驗室和外界之間的隔離，是以防止實驗室外的人被感染為目的的。
污染傳播的主要途徑是氣溶膠的擴散和對病原體的直接接觸。特別是前者，僅僅靠改善操作方式是不能解決的，一般采取在隔離區和維持區之間建立氣壓差和對排風進行滅菌處理兩種方法。
隔離區（P3實驗室）應維持壓差（負壓）一般為-20～-50Pa，使維持區到隔離區造成定向氣流。在氣壓不同區域之間設有氣閘室，它的兩邊設有聯鎖的門，一邊開時，另一邊關閉，以維持壓差。
整個P3實驗室區域的室內壓差等級從低到高依次是：P2生物安全柜
2、人流、物流合理，做到不交叉污染，應有實驗室門禁管理制度，僅限于預先被告知危險性、并經過特殊培訓的工作人員及支援人員能夠進出。并貼有警告標志及生物性危險標志。
由于該P3實驗室小，又不經常使用。主要做到人流與物流的分開，污染物品與潔凈物品的分離。即： 2.1人流方向：
入：走廊—更鞋、一次更衣—二次更衣--氣閘室— P3實驗室 出：P3實驗室—氣閘室—淋浴---更衣、更鞋—走廊； 2.2物流方向：
潔凈物品或不能進行滅菌物品從雙面互鎖結構傳遞窗入P3實驗室；需滅菌物品從雙門傳遞滅菌器，或密封后經傳遞窗入，再經高壓滅菌器滅菌后進入P3實驗室；在傳遞窗下方設消毒渡槽，對某些不能高壓滅菌物品可通過盛有消毒液的藥液傳遞窗傳遞，使容器外側受到滅菌處理。污染物品、實驗后器械應置于耐用、防漏密閉的容器中，經高壓滅菌后才可廢棄。實驗人員淋浴后一次性衣物，應裝入密閉膠袋后，經傳遞窗到滅菌器中處理后廢棄。
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