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PCR 實驗（experiment)室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析(Analyse)等三或四個區域。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區域即可。各區域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
2標準的PCR實驗（experiment)室產物分析(Analyse)區或三個區域的最后一個區域（即擴增及產物分析(Analyse)區），空氣流向應由室外向室內，可通過在室內設置通風櫥、排風扇或其他排風系統達到空氣流由室外向室內流動的要求。
PCR實驗（experiment)室根據使用儀器（appliance）的功能合理設置各個工作區域，如采用聚合酶(Enzyme)聯反應：則設置試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析(Analyse)區四個單獨的工作區域，這是最常用的分區方式。潔凈實驗室無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環境。樣品需要粉碎處理的，還需增設樣品粉碎區；若使用實時熒光PCR法：基因擴增區、基因產物分析區可以合并在一個房間內；采用標本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的全自動化PCR分析儀，則標本制備區、擴增區、擴增產物分析區可合并為一個區域，因此PCR實驗室原則上設置五個區或四個區或三個區或二個單獨的工作區。
核酸擴增前區和核酸擴增后區可設在一個房間內，但必須在滿足下列要求的前提下：
a.核酸擴增前區實驗（experiment)室內設置兩個不同位置（position )的實驗區，試劑配置(deploy)在超凈工作臺中操作，樣品處理在生物安全柜內操作。
b.在核酸擴增后區使用全封閉的擴增和檢測系統，如實時熒光PCR儀等。潔凈實驗室無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環境。
c.每個實驗（experiment)人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在實驗（experiment)前后對操作區域和共享器具進行清潔及消毒。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
e.各區域的試劑、器具、儀器（appliance）和設備為該區專用，不得交叉使用。
