PCR實驗（experiment)室設計的核心(core)問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗（experiment)就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗（experiment)結果必須作廢，需重新進行實驗（experiment)。所以發生污染后再圍繞(circumfuse)實驗（experiment)室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣(fán suǒ)，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除（Remove)。
實驗（experiment)室空調通風系統設計及壓力控制（control)
PCR實驗（experiment)室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能（maybe)性，宜采用全送全排的氣流組織形式。實驗室凈化由于潔凈實驗室-生物安全實驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環境具有危害，必須通過采用合理的空氣調節系統，保持潔凈實驗室-生物安全實驗室的相對負壓環境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內危險性微生物不能向外部環境中擴散。同時，要嚴格控制（control)送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。 2.1試劑貯存和準備區
該實驗（experiment)區主要進行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送至該區，不得經過其他區域。試劑原料(raw material)必須貯存在本區內，并在本區內制備成所需的貯存試劑。 對與氣流壓力的控制（control)，本區并沒有嚴格的要求。
標本制備區
該區域主要進行的操作為樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增產物 分析(Analyse)區
試劑貯存和準備區
標本制備區
擴增反應混合物配制和擴增區
緩 沖 區
傳遞（transmission)窗
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。凈化實驗室控制系統是整個潔凈實驗室安全運行的神經中樞,由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。另外，由于在加樣操作中可能（maybe)會發生氣溶膠所致的污染，所以應避免在本區內不必要的走動。
擴增反應混合物配制和擴增區
該區域主要進行的操作為DNA擴增。此外，已制備的DNA模板 (來自樣本制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液等也可在本區內進行。
本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內的不必要的走動。個別操作如加樣等應在超凈臺內進行。
擴增產物分析(Analyse)區
該區域主要進行的操作為擴增片段的測定。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
本區是最主要的擴增產物污染來源，因此對本區的壓力梯度的要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免擴增產物從本區擴散至其它區域。