在廠房的工藝設計方面，需按產品的工藝流程確定工藝布局，工藝布局應按工序先后順序銜接合理，避免交叉迂回及人、物混雜。人員及物料均應有各自的出入口，盡量人流物流分開。潔凈廠房應按潔凈級別合理布局，潔凈級別高的工序應設在中心，并設置相應的輔助措施，包括清洗、更衣等措施。
在廠房的建筑設計方面，首先考慮廠房設計的類型，即單層廠房還是多層廠房。一般建單層大跨度廠房為多，其優點是單層廠房工藝布局比多層廠房更易合理;靈活性較強，便于生產品種的更新和工藝流程變更時工房進行改造;便于設備安裝和公用管線的安裝。
對潔凈廠房潔凈級別的要求，我國現執行的《潔凈廠房設計規范》GB73-84，原則上采用國際上多數國家通用的工業潔凈室空氣潔凈度等級，潔凈級別劃分為3個等級。要達到以上3個級別，在設計中應注意的問題是：
1、氣流組織，一般100級采用垂直層流、水平層流，10000級和100000級采用亂流(一般為頂部送風，墻下部設回風口);
2、壓差，潔凈級別高區域對相鄰潔凈級別低的區域呈正壓;
3、送風量，送風量是潔凈廠房達到級別要求的重要因素，設計時根據實際情況應留有一定系數;
4、新鮮空氣量，新風量一般占送風量70%。
此外，在潔凈廠房設計時還有一些其他問題值得注意：
平面圖上要劃分潔凈區和輔助區，人員進入潔凈區必需先通過輔助區。輔助區包括更衣室，緩沖間，人流方向應由低潔凈級別區到高潔凈級別區;
為了節約能源，潔凈區在滿足生產的情況下空間不宜過大，高度應盡量降低，一般在2.5m左右;
不同潔凈級別的潔凈室之間結合部應設防塵設施，如氣閘、傳遞窗等;
潔凈區和非潔凈區的間隔窗戶為雙層密閉窗，門應嚴密。
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