生物安全實驗室潔凈空調設計主要圍繞以下幾點展開：

(1) 設計參數確定,如室外設計參數、室內設計參數、建筑物設計參數等； 
(2) 空調負荷計算；  
(3) 空調系統方案的選擇及空氣處理過程的確定；
(4) 風系統設計及氣流組織； 
(5) 消聲、減振及保溫。
生物安全實驗室潔凈空調與一般空調的優勢對比：
(1) 主要參數控制 一般空調側重溫度、濕度、新鮮空氣量和噪聲控制。而潔凈空調側重控制室內空氣的含塵量、風速、換氣次數、在溫、濕度有要求的房間，溫、濕度也是主要控制參數。對于生物潔凈室，含菌量時主要的控制參數之一。
(2) 空氣過濾手段 一般空調有的只有初效一級過濾，而要求高的是初效、中效兩級過濾處理。而潔凈室空調則要求粗、中、高三級過濾或粗、中、壓高效三級過濾。 
(3) 室內壓力要求 一般空調對室內壓力要求不高。而潔凈室空調為了避免外界污染空氣的滲入（內部污染物逸出）或不同潔凈區不同物質的相互影響，對不同潔凈區的正壓（負壓）均有要求。 
(4) 避免外界污染 為了避免外界污染，潔凈空調系統材料和設備的選擇、加工工藝、加工安裝環境、設備部件的存儲環境都有特殊要求。  
(5) 一般空調對氣密性、滲氣量有一定要求，而生物安全實驗室對空調氣密性、滲氣量要求則十分嚴格。

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