PCR實驗（experiment)室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析(Analyse)等三或四個區域。潔凈實驗室主要用于微生物學、生物醫學、生物化學、動物實驗、基因重組以及生物制品等研究使用的實驗室統稱潔凈實驗室-生物安全實驗室。無菌試驗室、生物安全實驗室由主實功能驗室與其他實驗室及輔助功能用房組成。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區域即可。各區域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
PCR實驗（experiment)室對污染的預防與控制（control)：
PCR實驗（experiment)室設計的核心(core)問題是如何避免污染。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。凈化實驗室控制系統是整個潔凈實驗室安全運行的神經中樞,由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞(circumfuse)實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣(fán suǒ)，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除（Remove)。
PCR實驗（experiment)室功能區分為：
一、普通實驗（experiment)區——法醫物證常規檢驗室、法醫物證存儲室、受案室、檢材室、骨骼(skeleton)提取實驗（experiment)室、數據（data)比對分析(Analyse)室、緊急淋浴洗眼間、潔具間、洗衣間、測序儀專用UPHOTOSHOP機房；
二、特殊實驗（experiment)區 / 污染控制（control)區——更鞋 / 緩沖走廊、更衣 / 緩沖間、現場物證DNA提取間（30-50㎡）、嫌犯血樣DNA提取間(15-30㎡）、試劑混配間(15-30㎡）、PCR擴增間(15-30㎡）、擴增產物測序間(15-30㎡）；
