微生物實驗室一般包括清潔區、操作區和無菌區三個區域，可劃分為準備室、培養室、菌種室、消毒室、無菌室等多個房間。微生物實驗室根據專業領域（環保、食品、藥品、醫學等）和性質（教學、生產、科研、檢測等）的不同，實驗室的組成和規模有較大差別。
目前，中國沒有專門的微生物實驗室的設計建設標準，來對無菌室等的潔凈度和空氣沉降菌落數進行規范。空氣中絕大多細菌直徑0.5～5μm，霉菌直徑2～30μm，在空中附著在塵埃上，形成一定粒徑的生物性粒子而懸浮，直接影響微生物實驗室空氣環境。
在微生物實驗室規劃、設計和建設中，空氣潔凈度成為最關鍵的因素。目前，中國主要潔凈室及潔凈度分級的標準和文件如下：
1)GB 50073-2013《潔凈廠房設計規范》
2)GB/T25915.1-2010《潔凈室及相關受控環境 第1部分：空氣潔凈度等級》
3)GB 50687-2011《食品工業潔凈用房建筑技術規范》
4)GB 50472-2008《電子工業潔凈廠房設計規范》
5)GB 50457-2008《醫藥工業潔凈廠房設計規范》
6)YY 0033-2000《無菌醫療器具生產管理規范》
7)《藥品生產質量管理規范（2010年修訂）》附錄1
8)《醫療器械生產質量管理規范無菌醫療器械實施細則和檢查評定標準（試行）》
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