1、要兼顧建設投資和運行費用要平衡初次投資和運行費用之間的關系，不能只追求很低的初投資，應進行詳盡的評估后選擇合理的設計方案。同時主管部門要考慮區域性合理布局，充分考慮建成后利用率，以免造成不必要的浪費。

2、慎重選擇設計和施工單位
生物安全實驗室的建設是一個復雜的系統工程，沒有建設過高級別的生物安全實驗室或者對生物安全實驗室不甚了解，很難建造出合格的生物安全實驗室。目前生物安全實驗室建設市場魚目混雜，在選擇設計和施工單位時應慎重。
3、充分考慮各種因素
如北方的一些地區，由于沙塵天氣多，往往會造成過濾器生命周期短的現象，在運行過程中需要頻繁更換過濾器，如果建設中加裝價值較低的粗過濾器可緩解這種狀況。

4、排風系統必須加裝高效過濾器，不能僅僅采用高空排放。如果簡單認為高速排放就是排風管中的風速要超過13m/s，容易造成排風阻力大，達不到要求的排風量，室內很難保持要求的負壓，或者排風機壓力加大，噪音和電耗也同時加大。
5、要重視工程檢測
生物安全實驗室竣工后，首先應經過國家授權檢測機構的檢測，這是很重要的環節。檢測內容應包括實驗室的嚴密程度、各個房間之間的負壓值、空氣氣流流向、高效過濾器檢漏、潔凈度級別、自控系統等多個方面。三級生物安全實驗室的建設是一個復雜的系統工程，我國已經出臺或即將出臺一些生物安全實驗室建設的規范和標準，從多個方面規范其設計、建造、檢測、驗收的整個過程。生物安全實驗室的建設也將向著標準化、安全性和實用性的方向發展，為我國的科研醫藥、生物技術、疾病控制和防疫檢疫事業的發展創造良好的環境。